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법인 공장을 대표자가 사도 될까?

골드365 2026. 10. 9. 07:24

목차


    법인 명의로 보유하고 있는 공장을 대표자 개인 명의로 바꾸고 싶은 경우가 있습니다.

    법인을 정리할 예정이거나, 공장은 대표자가 개인적으로 보유하면서 법인에는 임대하는 구조로 바꾸려는 경우 등이 대표적입니다.

    그렇다면 법인 소유 공장을 대표자가 직접 매수해도 될까요?

    매매 자체가 무조건 금지되는 것은 아닙니다. 하지만 법인과 대표자는 서로 별개의 거래 당사자이고 특수관계인 거래가 될 수 있기 때문에 일반적인 제3자 간 공장 매매보다 확인해야 할 사항이 많습니다.

    특히 매매가격을 임의로 낮게 정하면 법인세와 취득세 등의 문제가 생길 수 있어 “얼마에 거래할 것인가”가 중요한 쟁점이 됩니다.

    30초 요약
    • 법인 소유 공장을 대표자 개인에게 매도하는 것 자체가 무조건 금지되는 것은 아닙니다.
    • 법인과 대표자는 별개의 거래 당사자이므로 정상적인 매매절차를 거쳐야 합니다.
    • 특수관계인 거래에서는 시가보다 지나치게 낮거나 높은 가격으로 거래하는 경우 세무문제가 생길 수 있습니다.
    • 대표자가 이사인 주식회사라면 상법상 자기거래 승인절차도 확인해야 합니다.
    • 대표자는 취득세, 법인은 법인세와 부가가치세 등 거래 전 전체 세금을 함께 계산해야 합니다.
    확인항목 왜 확인해야 할까?
    매매가격 특수관계인 거래이므로 시가와 거래가격의 차이를 확인해야 함
    회사 승인 대표자가 이사라면 상법상 자기거래 승인절차 확인 필요
    법인 세금 공장 매각에 따른 법인세와 건물분 부가가치세 등을 검토
    대표자 세금 부동산 취득에 따른 취득세 등 취득비용 확인
    기존 대출 근저당권과 법인대출을 대표자가 그대로 승계할 수 있는지 금융기관 확인 필요

    법인 공장을 대표자가 살 수 있을까?

    법인 소유 공장을 대표자 개인이 매수하는 거래 자체가 무조건 금지되는 것은 아닙니다.

    다만 여기서 먼저 구분해야 할 것이 있습니다.

    대표자가 회사 지분을 대부분 가지고 있다고 해도 법인 소유 부동산이 곧 대표자 개인 재산이 되는 것은 아닙니다.

    법인과 대표자는 서로 다른 권리주체이므로 법인이 매도인이 되고 대표자가 매수인이 되는 정상적인 부동산 매매절차를 거쳐야 합니다.

    매매계약서를 작성하고 매매대금을 실제로 지급하며 소유권이전등기와 관련 세금도 각각 처리해야 합니다.

    대표자니까 싸게 사도 될까?

    이번 거래에서 가장 주의해서 볼 부분입니다.

    법인과 대표자는 세법상 특수관계인에 해당할 수 있습니다.

    「법인세법」 제52조는 법인이 특수관계인과 거래하면서 법인의 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 해당 거래가격을 그대로 인정하지 않고 시가를 기준으로 법인의 소득금액을 계산할 수 있도록 하고 있습니다.

    따라서 회사가 보유한 공장의 시가가 상당한데 대표자에게 특별한 이유 없이 현저히 낮은 가격으로 매각하는 방식은 주의해야 합니다.

    “내 회사 공장이니까 내가 원하는 가격으로 사도 된다”라고 접근해서는 안 됩니다.

    얼마부터 저가매매 문제가 될까?

    단순히 시가보다 조금 낮다는 이유만으로 모든 거래에 부당행위계산 부인 규정이 적용되는 것은 아닙니다.

    현행 「법인세법 시행령」은 특수관계인에게 자산을 시가보다 낮은 가격으로 양도하는 등 일정한 거래에서 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우를 규정하고 있습니다.

    다만 실제 적용 여부는 거래유형과 구체적인 사실관계를 함께 검토해야 합니다.

    따라서 공장 매매가격을 정할 때는 단순히 장부가액이나 과거 취득가격만 보고 결정하지 않는 것이 좋습니다.

    공장의 시가는 어떻게 확인할까?

    특수관계인 거래에서는 거래가격을 정한 근거를 남겨두는 것이 중요합니다.

    「법인세법 시행령」은 해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격 등이 있으면 이를 시가 판단에 사용하도록 하고 있습니다.

    시가가 불분명한 경우에는 법령에서 정한 순서에 따라 감정평가법인 등의 감정가액 등을 적용하는 구조를 두고 있습니다.

    공장은 일반 아파트처럼 같은 단지의 동일 면적 거래사례를 쉽게 찾기 어려운 경우가 많습니다.

    토지의 위치와 용도지역, 공장 건물의 구조·연식·면적, 도로조건, 전력, 각종 설비 등이 제각각이기 때문입니다.

    따라서 거래금액이 크거나 시가 판단이 애매하다면 계약 전에 세무전문가와 감정평가 필요 여부를 검토하는 것이 안전합니다.

    회사 내부 승인도 확인해야 한다

    세금만 확인하고 바로 계약해서는 안 됩니다.

    대표자가 이사인 주식회사라면 회사와 대표자 사이의 거래는 상법상 이사와 회사 간의 거래에 해당할 수 있습니다.

    「상법」 제398조는 이사 등이 자기 또는 제3자의 계산으로 회사와 거래하려면 미리 이사회에서 거래의 중요사실을 밝히고 승인을 받도록 규정하고 있습니다.

    이 경우 이사회 승인은 이사 3분의 2 이상의 수로 해야 하고 거래의 내용과 절차도 공정해야 합니다.

    따라서 법인 공장을 대표자가 매수한다면 계약서 작성에 앞서 해당 회사의 이사회 구성과 필요한 회사 내부절차부터 확인해야 합니다.

    법인에는 어떤 세금이 생길까?

    법인이 공장을 매각하면 매각에 따른 손익이 법인의 소득 계산에 반영될 수 있습니다.

    따라서 단순히 대표자가 취득세만 내면 거래가 끝나는 것은 아닙니다.

    법인이 공장을 얼마에 취득했는지, 장부가액이 얼마인지, 얼마에 매각하는지 등을 확인해 법인 측 세금도 계산해야 합니다.

    토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부처럼 추가적인 법인세 검토가 필요한 경우도 있으므로 해당 공장의 실제 이용상태와 보유내역을 함께 살펴봐야 합니다.

    토지와 건물 가격을 구분해야 할까?

    공장은 일반적으로 토지와 건물을 함께 매매하는 경우가 많습니다.

    이때 부가가치세 처리를 위해 토지와 건물의 거래가액을 구분하는 것이 중요합니다.

    현행 「부가가치세법」에서는 토지의 공급을 면세 대상으로 규정하고 있습니다.

    반면 사업자가 사업용 건물을 공급하는 경우에는 해당 거래의 구체적인 과세 여부를 확인해야 하므로 공장 전체 매매금액만 정해 놓고 세금계산서 문제를 나중에 처리하는 방식은 피하는 것이 좋습니다.

    특히 법인이 보유한 공장을 대표자에게 매도하는 경우라면 계약 전에 토지와 건물의 가액 배분 및 건물분 부가가치세 처리를 세무전문가와 확인하는 것이 좋습니다.

    대표자는 취득세를 확인해야 한다

    대표자 개인은 법인으로부터 부동산을 유상으로 취득하는 매수인이 됩니다.

    따라서 대표자는 취득세 등 취득에 따른 비용을 검토해야 합니다.

    현행 「지방세법」은 부동산을 매매 등 유상거래로 승계취득하는 경우 사실상의 취득가격을 기본적인 취득당시가액으로 규정하고 있습니다.

    특히 특수관계인 간 거래로 취득세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 지방자치단체장이 시가인정액 등을 기준으로 취득당시가액을 결정할 수 있는 규정도 두고 있습니다.

    따라서 법인세만 생각해서 매매가격을 정할 것이 아니라 대표자가 부담할 취득세까지 함께 계산해 보는 것이 필요합니다.

    법인 대출도 대표자가 가져올 수 있을까?

    공장에 근저당권이 설정돼 있다면 매매 전에 금융기관과 반드시 협의해야 합니다.

    법인이 받은 대출이 있다는 이유만으로 공장 소유권을 대표자에게 이전할 때 그 대출채무까지 자동으로 대표자에게 넘어가는 것은 아닙니다.

    대표자가 새로 대출을 받아 법인의 기존 대출을 상환하는 방법, 금융기관의 동의를 받아 채무관계를 변경하는 방법 등 거래 구조에 따라 처리방법이 달라질 수 있습니다.

    따라서 등기부에 근저당권이 있다면 매매계약 전에 금융기관과 대출 승계 또는 상환조건을 먼저 확인하는 것이 좋습니다.

    매매 대신 개인 소유로 바꾸는 다른 방법은?

    법인 소유 공장을 대표자 개인 명의로 바꾸는 경우 단순 매매만 생각하기 쉽습니다.

    하지만 실제로는 법인의 향후 운영계획과 공장 사용방식까지 함께 봐야 합니다.

    대표자가 공장을 매수한 뒤 법인에 다시 임대한다면 이후에는 대표자와 법인 사이에 임대차관계가 새로 생깁니다.

    반대로 법인을 계속 운영하면서 공장도 계속 사용할 계획이라면 굳이 소유권을 개인에게 이전하는 것이 유리한 지부터 검토할 필요가 있습니다.

    명의를 바꾸는 것 자체보다 매매 과정에서 발생하는 세금과 취득비용, 향후 임대소득, 법인의 자금흐름까지 합쳐서 비교하는 것이 중요합니다.

    관련 글 바로가기

    ▶ 229번 「대표자 개인 소유 공장을 자기 법인에 임대해도 될까?」

    대표자가 공장을 개인 명의로 보유한 뒤 자신의 법인에 임대할 때 확인할 사항을 함께 살펴볼 수 있습니다.

    ▶ 241번 「법인전환하면 공장 명의도 바꿔야 할까?」

    개인과 법인 중 어느 쪽에 공장 명의를 둘지 판단할 때 함께 보기 좋은 글입니다.

    ▶ 245번 「법인전환하면 공장 취득세 감면도 받을 수 있을까?」

    개인과 법인 사이에서 공장 소유권을 이전할 때 발생할 수 있는 취득세 문제를 함께 확인할 수 있습니다.

    대표자 매수 전 체크리스트

    □ 공장 토지와 건물의 법인 장부가액을 확인했는가?

    □ 현재 시가를 확인할 수 있는 자료가 있는가?

    □ 매매가격을 정한 객관적인 근거를 남길 수 있는가?

    □ 대표자와 법인의 특수관계인 거래 세무문제를 검토했는가?

    □ 필요한 이사회 승인 등 회사 내부절차를 확인했는가?

    □ 법인이 부담할 법인세를 계산해 봤는가?

    □ 토지와 건물의 매매가액을 구분했는가?

    □ 건물분 부가가치세 처리를 확인했는가?

    □ 대표자가 부담할 취득세와 등기비용을 확인했는가?

    □ 기존 근저당권과 법인대출 처리방법을 금융기관에 확인했는가?

    □ 매수 후 대표자가 법인에 다시 임대할 것인지 결정했는가?

    FAQ

    대표자가 법인 지분 100%를 가지고 있어도 매매계약서를 써야 하나요?

    법인과 대표자는 별개의 주체입니다. 대표자가 법인의 지분을 모두 가지고 있더라도 법인 소유 공장을 대표자 개인 명의로 이전하려면 적법한 거래절차와 소유권이전등기가 필요합니다.

    법인 장부가액으로 대표자에게 팔면 되나요?

    장부가액이 곧 세법상 시가라는 의미는 아닙니다. 특수관계인 거래에서는 시가와 실제 거래가격을 비교해야 하므로 장부가액만을 기준으로 매매가격을 정하는 것은 주의해야 합니다.

    감정평가를 반드시 받아야 하나요?

    모든 법인과 대표자 간 부동산 매매에서 감정평가가 일률적으로 의무인 것은 아닙니다. 다만 공장처럼 객관적인 시가 확인이 어렵고 거래금액이 큰 부동산은 세법상 시가 판단과 거래가격의 객관성을 확보하기 위해 감정평가 필요 여부를 사전에 검토할 수 있습니다.

    대표자가 싸게 사면 취득세도 줄어드나요?

    그렇게 단순하게 판단하면 안 됩니다. 현행 지방세법에는 특수관계인 간 거래로 취득세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 시가인정액 등을 기준으로 취득당시가액을 결정할 수 있는 규정이 있습니다.

    대표자가 산 뒤 자기 법인에 다시 임대해도 되나요?

    가능 여부는 별도로 검토할 수 있습니다. 이 경우 대표자 개인이 임대인이 되고 법인이 임차인이 되는 새로운 거래관계가 생기므로 임대료의 적정성, 임대소득과 법인의 임차료 처리 등을 함께 확인해야 합니다.

    핵심 정리

    법인 명의 공장을 대표자가 개인적으로 매수하는 거래 자체가 무조건 금지되는 것은 아닙니다.

    하지만 대표자가 회사의 주인이라는 생각으로 일반적인 부동산 명의변경처럼 처리해서는 안 됩니다.

    법인과 대표자는 서로 다른 거래 당사자이고 특수관계인 거래가 될 수 있기 때문에 매매가격의 적정성을 확인해야 합니다.

    대표자가 이사라면 상법상 회사와의 자기거래 승인절차도 확인해야 하고, 법인의 법인세와 부가가치세, 대표자의 취득세, 기존 대출과 근저당권 처리까지 함께 검토해야 합니다.

    결국 핵심은 “대표자가 살 수 있느냐”보다 “정상적인 가격과 절차로 거래했느냐”에 있습니다.

    자료출처

    • 국가법령정보센터 「법인세법」 제52조

    • 국가법령정보센터 「법인세법 시행령」 제88조·제89조

    • 국가법령정보센터 「상법」 제398조

    • 국가법령정보센터 「지방세법」 제10조의3

    • 국가법령정보센터 「부가가치세법」 제26조

    • 국세법령정보시스템 부동산 양도 관련 질의회신

     

    이 글은 법인 소유 공장을 대표자 개인에게 매도하는 경우의 일반적인 법률·세무사항을 정리한 것입니다. 실제 세금과 회사 내부절차는 법인의 형태, 대표자의 지분 및 임원관계, 공장의 시가와 장부가액, 토지·건물의 이용상태, 기존 대출 등 개별 상황에 따라 달라질 수 있습니다. 실제 거래 전에는 세무사·법무사 등 관련 전문가와 금융기관을 통해 구체적인 내용을 확인하시기 바랍니다.