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부동산을 오래 보유하면 양도소득세를 계산할 때 받을 수 있는 대표적인 공제가 장기보유특별공제입니다.
그런데 정부가 발표한 2026년 세제개편안에는 이 제도의 명칭부터 공제방식, 공제율, 공제한도까지 크게 바꾸는 내용이 포함돼 있습니다.
특히 변화가 본격적으로 시작되는 시점이 2028년 1월 1일 이후 양도분입니다.
1세대 1 주택자는 단순히 얼마나 오래 보유했는지보다 실제로 얼마나 오래 거주했는지가 훨씬 중요해지고, 2029년부터는 주택의 보유기간 공제가 없어지는 방향입니다.
이번 글에서는 2026년 현재 제도와 정부 개편안을 구분해 2028년부터 장기보유특별공제가 어떻게 달라질 예정인지 핵심만 정리해보겠습니다.
📌 30초 핵심요약
2026년 현재 일정 요건을 갖춘 1세대 1 주택은 거주기간과 보유기간에 각각 연 4%, 최대 40%의 장기보유특별공제를 적용하는 구조입니다.
정부안에서는 2028년부터 주택 공제를 장기거주 소득공제로 바꾸고, 1세대 1 주택의 경우 2028년에는 거주 최대 60% + 보유 최대 20%, 2029년 이후에는 거주 최대 80%만 적용하고 보유공제는 폐지하는 방향입니다.
다주택자도 2029년부터 주택은 보유기간이 아니라 실제 거주기간 중심의 공제로 전환될 예정입니다.
※ 2028년 이후 내용은 정부가 발표한 2026년 세제개편안 기준이며, 국회 입법 과정에서 변경될 수 있습니다.
2028년 장기보유특별공제 핵심 변화 한눈에 보기
| 구분 | 2027년까지 | 2028년 | 2029년 이후 |
|---|---|---|---|
| 1세대 1주택 거주공제 | 연 4% / 최대 40% | 연 6% / 최대 60% | 연 8% / 최대 80% |
| 1세대 1주택 보유공제 | 연 4% / 최대 40% | 연 2% / 최대 20% | 폐지 |
| 다주택자 거주공제 | 없음 | 연 2% / 최대 30% | 연 2% / 최대 30% |
| 다주택자 보유공제 | 연 2% / 최대 30% | 연 1% / 최대 15% | 폐지 |
1. 장기보유특별공제란 무엇일까?
장기보유특별공제는 일정한 부동산을 장기간 보유한 사람이 해당 부동산을 양도할 때 양도차익의 일정 부분을 공제해 양도소득금액을 계산하는 제도입니다.
2026년 현재 소득세법에서는 토지와 건물, 일정한 주택 등에 대해 보유기간과 자산의 종류에 따라 장기보유특별공제를 적용합니다.
특히 일정 요건을 충족하는 1세대 1 주택은 일반 부동산보다 우대된 공제방식이 적용되며, 보유기간과 거주기간을 각각 반영합니다.
2. 2028년부터 이름부터 달라진다
정부의 2026년 세제개편안에서는 현재 하나의 이름으로 사용하고 있는 장기보유특별공제를 두 제도로 나눌 예정입니다.
| 새 명칭 | 주요 적용 대상 |
|---|---|
| 장기거주 소득공제 | 주택, 일정 조합원입주권 |
| 장기보유 소득공제 | 토지, 주택 외 건물, 일정 조합원입주권 |
즉 주택은 장기거주, 토지와 주택 외 건물은 장기보유라는 서로 다른 방향으로 공제제도가 나뉘게 됩니다.
적용 예정 시기는 2028년 1월 1일 이후 양도분부터입니다.
3. 1세대 1 주택, 2028년에는 거주공제가 커진다
가장 큰 변화는 1세대 1 주택입니다.
2026년 현재 일정 요건을 갖춘 1세대 1 주택은
거주기간 → 연 4%, 최대 40%
보유기간 → 연 4%, 최대 40%
구조입니다.
정부안에서는 2028년에 이를
거주기간 → 연 6%, 최대 60%
보유기간 → 연 2%, 최대 20%
로 조정합니다.
전체 최대 공제율의 틀을 유지하면서 보유공제 비중은 줄이고 거주공제 비중을 늘리는 것이 핵심입니다.
4. 2029년부터 1 주택 보유공제는 폐지 예정
변화는 2029년에 더 커집니다.
정부안에서는 2029년 1월 1일 이후 양도분부터 1세대 1 주택의 보유기간 공제를 없애고
거주기간 → 연 8%, 최대 80%
만 적용하는 방향입니다.
따라서 정부안대로 시행될 경우 앞으로 주택을 오래 가지고 있기만 한 경우와 오랜 기간 실제 거주한 경우 사이의 공제 차이가 지금보다 커질 수 있습니다.
관련 글
1세대 1주택 비과세와 거주기간, 고가주택 양도세의 기본 내용은 이전 글에서 자세히 정리했습니다.
▶ 1세대 1주택 양도세 총정리 바로가기
※ 위 문장에 3번 글 내부링크를 연결하세요.
5. 1세대 1주택 우대공제 기본요건은?
정부 세제개편안에서 제시한 1세대 1주택 주택 공제의 기본요건은
3년 이상 보유 + 2년 이상 거주
입니다.
따라서 공제율이 높아진다고 해서 모든 1 주택자가 자동으로 최대 80% 공제를 받는 것은 아닙니다.
실제 공제율은 보유기간과 거주기간, 1세대 1주택 해당 여부, 양도시점 등에 따라 달라질 수 있습니다.
6. 다주택자 장기보유공제도 2028년부터 달라진다
이번 개편은 1 주택자에게만 적용되는 것이 아닙니다.
2026년 현재 다주택자 등의 일반적인 주택 장기보유특별공제는 기본적으로 연 2%, 최대 30%의 보유공제 구조입니다.
정부안에서는 2028년부터
거주공제 → 연 2%, 최대 30%
보유공제 → 연 1%, 최대 15%
가운데 더 높은 공제율을 적용합니다.
다만 거주공제는 2년 이상 거주한 경우에만 적용됩니다.
7. 다주택자도 2029년부터 보유공제 폐지
정부안에서는 2029년 이후 다주택자의 주택에 대해서도 보유기간 공제를 폐지하고
2년 이상 거주한 경우 연 2%, 최대 30%의 거주공제
만 적용하도록 할 예정입니다.
즉 주택의 경우 1 주택자와 다주택자 모두 제도의 중심축이 ‘얼마나 오래 보유했느냐’에서 ‘얼마나 오래 실제로 거주했느냐’로 이동하는 것입니다.
8. 장기거주 소득공제에 금액 한도도 생긴다
공제율만 달라지는 것은 아닙니다.
정부안에서는 주택의 장기거주 소득공제에 지금까지 없던 공제금액 한도를 신설할 예정입니다.
| 구분 | 2028년 | 2029년 이후 |
|---|---|---|
| 인별 연간 한도 | 20억원 | 10억원 |
| 양도 물건별 한도 | 20억원 | 10억원 |
공동소유하거나 시점을 달리해 분할양도하는 경우에는 지분 또는 분할양도 비율에 따라 공제한도를 안분하는 정부안입니다.
따라서 양도차익이 큰 고가주택은 단순히 최대 공제율만 볼 것이 아니라 공제금액 한도까지 함께 확인해야 합니다.
9. 1주택 고가주택은 12억 원 초과 부분을 확인
1세대 1 주택의 장기거주 공제와 관련해 또 하나 알아둘 점이 있습니다.
정부 자료에서는 1세대 1주택의 공제액을 계산할 때 양도가액 중 12억 원 초과 비중에 해당하는 양도차익을 기준으로 하는 구조를 제시하고 있습니다.
따라서 양도가액이 12억 원을 넘는 1세대 1 주택은 전체 양도차익이 모두 같은 방식으로 과세된다고 이해해서는 안 됩니다.
고가주택은 실제 양도가액과 취득가액, 필요경비, 거주기간 등을 함께 확인해야 합니다.
10. 실제 거주하지 못한 기간도 일부 인정하는 보완책
주택 공제가 거주 중심으로 바뀌면 직장이나 학업 때문에 부득이하게 이사한 경우가 불리해질 수 있습니다.
정부안은 이런 문제를 보완하기 위해 일정한 경우 실제로 거주하지 못한 일부 기간을 공제율 계산상 거주기간으로 인정하는 제도도 함께 마련할 예정입니다.
예를 들어 일정 요건을 충족한 상태에서 취학, 직장변경·전근, 장기간 치료·요양 등의 부득이한 사유로 주거를 이전하는 경우에는 최장 3년까지 보유기간을 거주기간으로 인정하는 내용이 포함돼 있습니다.
다만 이러한 기간 인정은 장기거주 소득공제의 공제율을 계산하기 위한 특례이므로 다른 비과세 거주요건과 동일한 것으로 단순하게 판단해서는 안 됩니다.
11. 재개발·재건축 공사기간도 보완 예정
재개발이나 재건축 과정에서는 기존 주택이 철거되고 신축주택이 완성될 때까지 실제로 거주할 수 없는 기간이 발생합니다.
정부안에서는 일정 요건을 갖춘 주택의 경우 재개발·재건축 공사기간의 50%를 장기거주 공제율 계산 시 거주기간으로 인정하는 보완책도 마련했습니다.
다만 이 역시 공제율 계산을 위한 거주기간 인정이며, 1세대 1주택 비과세에서 요구되는 거주요건 등에 그대로 적용되는 것은 아닙니다.
12. 2028년 전후 매도를 계획한다면 무엇을 확인해야 할까?
| 확인사항 | 체크 내용 |
|---|---|
| 양도 예정일 | 2027년·2028년·2029년 중 언제 양도할 예정인가? |
| 주택 수 | 1세대 1주택인가, 다주택자인가? |
| 보유기간 | 현재까지 몇 년 보유했는가? |
| 거주기간 | 실제 거주기간은 몇 년인가? |
| 양도가액 | 1주택이라면 12억원을 초과하는가? |
| 공제한도 | 고가주택으로 공제금액 한도의 영향을 받는가? |
| 특수상황 | 재개발·재건축이나 부득이한 주거이전이 있었는가? |
특히 현재 장기간 보유했지만 실제 거주기간이 짧은 주택이라면 2028년과 2029년 이후의 공제방식 차이를 확인할 필요가 있습니다.
관련 글
양도세뿐 아니라 종부세·다주택자·토지까지 포함한 전체 세제개편 내용은 아래 글에서 확인할 수 있습니다.
▶ 2026 부동산 세제개편안 총정리 바로가기
자주 묻는 질문
Q. 장기보유특별공제는 2028년부터 없어지나요?
제도 전체가 없어지는 것은 아닙니다.
정부안에서는 현재의 장기보유특별공제를 주택의 장기거주 소득공제와 토지·주택 외 건물의 장기보유 소득공제로 나누는 방향입니다.
Q. 1 주택자는 2029년부터 오래 보유한 기간을 전혀 인정하지 않나요?
정부안에서는 2029년 이후 1세대 1 주택의 공제율을 거주기간 연 8%, 최대 80% 방식으로 전환하고 보유공제율은 없애는 내용입니다.
다만 공제 적용을 위한 기본요건 등은 별도로 확인해야 합니다.
Q. 2028년에는 최대 공제율이 80%인가요?
일정 요건을 충족한 1세대 1주택의 경우 정부안상 거주 최대 60% + 보유 최대 20% 구조이므로 합계상 최대 80%가 가능합니다.
하지만 실제 공제율은 각자의 보유기간과 거주기간에 따라 달라집니다.
Q. 다주택자는 2029년부터 장기보유공제를 전혀 못 받나요?
주택을 단순 보유한 기간에 따른 보유공제는 정부안에서 폐지될 예정이지만, 2년 이상 실제 거주한 경우 연 2%, 최대 30%의 거주공제가 적용되는 방향입니다.
Q. 2028년 전에 팔면 새 제도가 적용되나요?
정부 세제개편안은 새로운 공제체계를 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용하도록 하고 있습니다.
따라서 정부안 기준으로는 2027년 12월 31일까지의 양도와 2028년 이후 양도에 적용되는 공제체계가 달라집니다.
장기보유특별공제 2028년 개편 핵심 정리
이번 개편에서 가장 중요한 변화는 명확합니다.
주택은 '오래 보유한 사람'보다 '오래 실제 거주한 사람'에게 공제혜택을 집중하는 방향으로 바뀝니다.
1세대 1 주택은 2028년에 거주 최대 60%·보유 최대 20%로 조정되고, 2029년부터는 보유공제를 폐지하면서 거주 최대 80% 구조로 전환하는 정부안입니다.
다주택자 주택 역시 2029년부터 단순 보유공제를 없애고 실제 거주기간 중심으로 공제하는 방향입니다.
또한 주택의 장기거주 소득공제에는 새롭게 인별 연간 및 물건별 공제금액 한도가 생기기 때문에 고가주택이라면 공제율뿐 아니라 한도까지 함께 확인해야 합니다.
결국 2028년을 전후해 주택을 매도할 계획이 있다면 보유기간, 실제 거주기간, 양도시점, 예상 양도가액을 함께 비교하는 것이 중요합니다.
※ 꼭 확인하세요.
이 글에서 설명한 2028년 이후 내용은 정부가 발표한 2026년 세제개편안을 기준으로 작성했습니다. 현재 모두 확정·시행 중인 세법이 아니며 국회 입법 및 시행령 개정 과정에서 내용이나 적용시기가 변경될 수 있습니다. 실제 부동산 양도 전에는 최종 개정 법령을 반드시 확인하시기 바랍니다.
자료 출처
국가법령정보센터 「소득세법」 및 「소득세법 시행령」
정부 「2026년 세제개편안」
※ 본 글은 2026년 현재 시행 중인 제도와 정부가 발표한 2026년 세제개편안을 구분하여 일반인이 이해하기 쉽게 정리한 정보성 콘텐츠입니다. 실제 양도소득세는 주택 수, 취득·양도시기, 보유기간, 거주기간 및 각종 특례에 따라 달라질 수 있습니다.